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Mindmedic: 🥰人人都能负担得起的人工智能诊断❤️

复现说明

Introduction: 以下部分提供了有关重现 Mindmedic 中使用的数据处理工作流程的详细说明。其中包括处理乳腺癌、心电图和 X 射线成像数据的步骤,以确保数据采用适合模型训练和微调的格式。

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1.1 数据处理

1.1.1 乳腺肿瘤数据

  1. 数据采集
    • 从癌症成像档案网站下载相关数据,该网站提供适用于 Linux 和 Windows 平台的数据下载器。
    • 将下载的数据保存到您的服务器或本地机器上。数据应如以下示例所示。

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  1. 数据处理

    • 使用以下命令导航到指定目录:

      cd Biochemical
    • 依次执行以下命令来处理数据:

      python dataprocessing.py   # 此步骤可能需要相当长的时间。
      python find_emptyimages.py
      python convert_json.py
      python json_normalization.py
      python add_suggestion.py
    • 这些脚本会将 DICOM 文件转换为可训练的图像格式,添加标签和提示,并包含诊断建议。最终输出将是可用于模型微调的 JSON 文件。

    • 注:由于数据量较大(646GB),本服务器无法进行全量数据训练,建议硬件资源充足的用户进行全量数据微调,以达到模型最佳性能。

1.1.2 心电图数据

数据准备

  • 导航到 ECG 数据目录:

    cd ECG
  • 执行以下命令处理ECG数据:

    python dataprocessing.py
    python add_suggestions_to_json.py
  • 这些脚本将负责数据处理,将其转换为适合模型训练的格式。

1.1.3 X光片数据

数据处理

  • X射线数据已经过预处理,不需要额外的步骤。
  • 但是,对于那些对处理逻辑感兴趣的人,请参考Xray/data 目录中的代码,其中包含全面的数据处理程序。

1.2 复现过程

本节概述了重现和测试 Mindmedic 各个组件所需的步骤。它包括调试和运行应用程序的详细说明,确保用户可以有效地复制心电图、X 射线和乳腺肿瘤分析的过程。

1.2.1 单独调试

调试单个组件时,请按照以下步骤操作。这里以 ECG 分析为例。

  1. 导航至 ECG 目录:

    cd ECG/VisualGLM-6B
  2. 启动后端服务: 运行以下命令启动后端服务:

    python api_ecg.py

    启动成功后,后端服务应显示输出,表明它正在各个地址上运行。

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  1. 启动前端服务:

简便方法,可以简单地进入 Vite 项目文件夹,然后运行以下命令来启动前端服务:

npm install --legacy-peer-deps
npm run dev

通过上面的命令,前端服务也会上线,你可以选择你想要的方式!😉

  1. 在浏览器中访问服务: 在浏览器中打开指定的本地地址(例如 http://localhost:8080)。导航到 ECG Analysis 选项卡,上传图像并查看返回的结果。

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调试X射线诊断和乳腺肿瘤分析的步骤类似。确保在测试期间在前端选择了适当的项目。

1.2.2 全系统测试

  1. 启动所有 API: 要同时启动所有服务,请执行以下脚本:

    bash start_apis.sh

    启动成功后,您应该会看到一条确认消息,表明所有服务都在运行。

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  1. 访问和使用服务: 打开 Web 界面并与三个诊断服务(ECG、X 射线和乳腺肿瘤分析)进行交互。每个服务都应可访问且功能齐全,允许同时使用。

  2. 停止所有 API: 测试完成后,使用以下命令停止所有正在运行的服务:

    bash stop_apis.sh

    此命令将终止所有活动服务,确保释放资源。

通过遵循这些步骤,用户可以有效地调试和测试 Mindmedic 的各个组件以及整个系统,确保所有功能均按预期运行。

数据集需要自行下载

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