change readme
Introduction: 以下部分提供了有关重现 Mindmedic 中使用的数据处理工作流程的详细说明。其中包括处理乳腺癌、心电图和 X 射线成像数据的步骤,以确保数据采用适合模型训练和微调的格式。
1.1.1 乳腺肿瘤数据
数据处理
使用以下命令导航到指定目录:
cd Biochemical
依次执行以下命令来处理数据:
python dataprocessing.py # 此步骤可能需要相当长的时间。 python find_emptyimages.py python convert_json.py python json_normalization.py python add_suggestion.py
这些脚本会将 DICOM 文件转换为可训练的图像格式,添加标签和提示,并包含诊断建议。最终输出将是可用于模型微调的 JSON 文件。
注:由于数据量较大(646GB),本服务器无法进行全量数据训练,建议硬件资源充足的用户进行全量数据微调,以达到模型最佳性能。
1.1.2 心电图数据
数据准备
导航到 ECG 数据目录:
cd ECG
执行以下命令处理ECG数据:
python dataprocessing.py python add_suggestions_to_json.py
这些脚本将负责数据处理,将其转换为适合模型训练的格式。
1.1.3 X光片数据
本节概述了重现和测试 Mindmedic 各个组件所需的步骤。它包括调试和运行应用程序的详细说明,确保用户可以有效地复制心电图、X 射线和乳腺肿瘤分析的过程。
1.2.1 单独调试
调试单个组件时,请按照以下步骤操作。这里以 ECG 分析为例。
导航至 ECG 目录:
cd ECG/VisualGLM-6B
启动后端服务: 运行以下命令启动后端服务:
python api_ecg.py
启动成功后,后端服务应显示输出,表明它正在各个地址上运行。
简便方法,可以简单地进入 Vite 项目文件夹,然后运行以下命令来启动前端服务:
npm install --legacy-peer-deps npm run dev
通过上面的命令,前端服务也会上线,你可以选择你想要的方式!😉
调试X射线诊断和乳腺肿瘤分析的步骤类似。确保在测试期间在前端选择了适当的项目。
启动所有 API: 要同时启动所有服务,请执行以下脚本:
bash start_apis.sh
启动成功后,您应该会看到一条确认消息,表明所有服务都在运行。
访问和使用服务: 打开 Web 界面并与三个诊断服务(ECG、X 射线和乳腺肿瘤分析)进行交互。每个服务都应可访问且功能齐全,允许同时使用。
停止所有 API: 测试完成后,使用以下命令停止所有正在运行的服务:
bash stop_apis.sh
此命令将终止所有活动服务,确保释放资源。
通过遵循这些步骤,用户可以有效地调试和测试 Mindmedic 的各个组件以及整个系统,确保所有功能均按预期运行。
©Copyright 2023 CCF 开源发展委员会 Powered by Trustie& IntelliDE 京ICP备13000930号
ccfcontest
Mindmedic: 🥰人人都能负担得起的人工智能诊断❤️
复现说明
Introduction: 以下部分提供了有关重现 Mindmedic 中使用的数据处理工作流程的详细说明。其中包括处理乳腺癌、心电图和 X 射线成像数据的步骤,以确保数据采用适合模型训练和微调的格式。
1.1 数据处理
1.1.1 乳腺肿瘤数据
数据处理
使用以下命令导航到指定目录:
依次执行以下命令来处理数据:
这些脚本会将 DICOM 文件转换为可训练的图像格式,添加标签和提示,并包含诊断建议。最终输出将是可用于模型微调的 JSON 文件。
注:由于数据量较大(646GB),本服务器无法进行全量数据训练,建议硬件资源充足的用户进行全量数据微调,以达到模型最佳性能。
1.1.2 心电图数据
数据准备
导航到 ECG 数据目录:
执行以下命令处理ECG数据:
这些脚本将负责数据处理,将其转换为适合模型训练的格式。
1.1.3 X光片数据
数据处理
1.2 复现过程
本节概述了重现和测试 Mindmedic 各个组件所需的步骤。它包括调试和运行应用程序的详细说明,确保用户可以有效地复制心电图、X 射线和乳腺肿瘤分析的过程。
1.2.1 单独调试
调试单个组件时,请按照以下步骤操作。这里以 ECG 分析为例。
导航至 ECG 目录:
启动后端服务: 运行以下命令启动后端服务:
启动成功后,后端服务应显示输出,表明它正在各个地址上运行。
简便方法,可以简单地进入 Vite 项目文件夹,然后运行以下命令来启动前端服务:
通过上面的命令,前端服务也会上线,你可以选择你想要的方式!😉
1.2.2 全系统测试
启动所有 API: 要同时启动所有服务,请执行以下脚本:
启动成功后,您应该会看到一条确认消息,表明所有服务都在运行。
访问和使用服务: 打开 Web 界面并与三个诊断服务(ECG、X 射线和乳腺肿瘤分析)进行交互。每个服务都应可访问且功能齐全,允许同时使用。
停止所有 API: 测试完成后,使用以下命令停止所有正在运行的服务:
此命令将终止所有活动服务,确保释放资源。
通过遵循这些步骤,用户可以有效地调试和测试 Mindmedic 的各个组件以及整个系统,确保所有功能均按预期运行。
数据集需要自行下载