MoonBio

MoonBio 是一个面向 MoonBit 生态的生物信息学基础库，聚焦序列解析、经典比对算法、简单 MSA 流程、CLI/WASM 演示与可复现验收流程。仓库按 2026 MoonBit OSC2026 的公开开发要求整理，当前主仓库为 GitHub，镜像仓库为 GitLink。

目标

• 提供可复用的 DNA/RNA 序列基础能力。
• 提供 MoonBit 可运行的 FASTA / FASTQ 解析实现。
• 提供 Needleman-Wunsch、Smith-Waterman、Levenshtein 和渐进式 MSA。
• 提供可验证的 CLI 与 WASM 构建入口。
• 提供竞赛验收需要的 CI、自查脚本、来源说明和申报材料。

功能概览

• src/core
  • DNA 序列类型、反向互补、转录、HMM Viterbi 示例。
• src/parser
  • 多记录 FASTA 解析。
  • FASTQ 解析与质量长度一致性校验。
  • FASTA / FASTQ 汇总统计。
• src/align
  • Needleman-Wunsch 全局比对。
  • Smith-Waterman 局部比对。
  • Levenshtein 距离。
  • 基于中心序列的渐进式 MSA。
• cmd/cli
  • 运行全局比对、MSA 和解析统计示例。
• cmd/wasm
  • 生成 WASM 入口并导出示例函数。

仓库结构

.
├── cmd/
│   ├── cli/
│   └── wasm/
├── docs/
├── scripts/
├── src/
│   ├── align/
│   ├── core/
│   └── parser/
├── moon.mod
├── moon.pkg
├── official-requirements.md
├── proposal-one-page.md
├── source-attribution.md
└── submission-status.md

快速开始

git clone https://github.com/caassien/MoonBio.git
cd MoonBio
moon update
moon fmt --check
moon check --target all
moon test --target wasm
moon test --target wasm-gc
moon test --target js

本机若安装了 C 编译器，还可以继续执行：

moon test --target native

示例

CLI 示例：

moon run cmd/cli

WASM 构建：

moon build --target wasm-gc cmd/wasm

产物默认位于：

_build/wasm-gc/debug/build/cmd/wasm/wasm.wasm

验收与自查

• 官方要求映射见 official-requirements.md
• 当前整改状态见 submission-status.md
• 代码来源说明见 source-attribution.md
• 使用和验证证据见 docs/usage-evidence.md
• 一键自查脚本见 scripts/verify_acceptance.ps1

推荐本地执行：

powershell -ExecutionPolicy Bypass -File .\scripts\verify_acceptance.ps1

若需要强制验证 native 目标：

powershell -ExecutionPolicy Bypass -File .\scripts\verify_acceptance.ps1 -RequireNative

MoonBit 包信息

• Module: caassien/moonbio
• License: MIT
• 推荐工具链：moonc v0.10.3

当前限制

• cmd/wasm 已提供真实 WASM 构建入口与导出函数，但浏览器侧展示页仍以轻量验收演示为主，后续可以继续扩展为完整交互式前端。
• 当前 MSA 为可运行的渐进式基线版本，重点在可测试、可维护和可扩展。

License

MIT